微生物肥料還有一些其它肥料沒有的特殊作用：

　　1、提高化肥利用率的作用。

　　隨著化肥的大量使用，其利用率不斷降低已是眾所周知的事實。這說明，僅靠大量增施化肥來提高作物產(chǎn)量是有限的，更何況還有污染環(huán)境等一系列的問題。為此各國科學家一直在努力探索提高化肥利用率達到平衡施肥、合理施肥以克服其弊端的途徑。微生物肥料在解決這方面問題上有獨到的作用。所以，根據(jù)我國作物種類和土壤條件，采用微生物肥料與化肥配合施用，既能保證增產(chǎn)，又減少了化肥使用量，降低成本，同時還能改善土壤及作物品質(zhì)，減少污染。

　　2、在綠色食品生產(chǎn)中的作用

　　隨著人民生活水平的不斷提高，尤其是人們對生活質(zhì)量提高的要求，國內(nèi)外都在積極發(fā)展綠色農(nóng)業(yè)(生態(tài)有機農(nóng)業(yè))來生產(chǎn)安全、無公害的綠色食品。生產(chǎn)綠色食品過程中要求不用或盡量少用(或限量使用)化學肥料、化學農(nóng)藥和其它化學物質(zhì)。它要求肥料必須首先保護和促進施用對象生長和提高品質(zhì)；其次不造成施用對象產(chǎn)生和積累有害物質(zhì)；三是對生態(tài)環(huán)境無不良影響。微生物肥料基本符合以上三原則。近年來，我國已用具有特殊功能的菌種制成多種微生物肥料，不但能緩和或減少農(nóng)產(chǎn)品污染，而且能夠改善農(nóng)產(chǎn)品的品質(zhì)。

　　3、微生物肥料在環(huán)保中的作用

　　利用微生物的特定功能分解發(fā)酵城市生活垃圾及農(nóng)牧業(yè)廢棄物而制成微生物肥料是一條經(jīng)濟可行的有效途徑。目前已應用的主要是兩種方法，一是將大量的城市生活垃圾作為原料經(jīng)處理由工廠直接加工成微生物有機復合肥料；二是工廠生產(chǎn)特制微生物肥料(菌種劑)供應于堆肥廠，再對各種農(nóng)牧業(yè)物料進行堆制，以加快其發(fā)酵過程，縮短堆肥的周期，同時還提高堆肥質(zhì)量及成熟度。另外還有將微生物肥料作為土壤凈化劑使用。

　　4、改良土壤作用

　　微生物肥料中有益微生物能產(chǎn)生糖類物質(zhì)，占土壤有機質(zhì)的0.1%，與植物粘液，礦物胚體和有機膠體結合在一起，可以改善土壤團粒結構，增強土壤的物理性能和減少土壤顆粒的損失，在一定的條件下，還能參與腐殖質(zhì)形成。所以施用微生物肥料能改善土壤物理性狀，有利于提高土壤肥力。

　　5、微生物肥料的發(fā)展前景

　　微生物在農(nóng)業(yè)上的作用已逐漸被人們所認識�，F(xiàn)國際上已有70多個國家生產(chǎn)、應用和推廣微生物肥料，我國目前也有250家企業(yè)年產(chǎn)約數(shù)十萬噸微生物肥料應用于生產(chǎn)。這雖與同期化肥產(chǎn)量和用量不能相比，但確已開始在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中發(fā)揮作用，取得了一定的經(jīng)濟效益和社會效應，已初步形成正規(guī)工業(yè)化生產(chǎn)階段。隨著研究的深入和應用的需要不斷擴大新品種的開發(fā)，微生物肥料現(xiàn)已形成(1)由豆科作物接種劑向非豆科作物肥料轉(zhuǎn)化；(2)由單一接種劑向復合生物肥轉(zhuǎn)化；(3)由單一菌種向復合菌種轉(zhuǎn)化；(4)由單一功能向多功能轉(zhuǎn)化；(5)由用無芽胞菌種生產(chǎn)向用有芽胞菌種生產(chǎn)轉(zhuǎn)化等趨勢。不僅如此，近20年來，許多國家更認識到微生物肥料作為活的微生物制劑，其有益微生物的數(shù)量和生命活動旺盛與否是質(zhì)量的關鍵，是應用效果好壞的關鍵之一。為此，現(xiàn)已有許多國家建立了行業(yè)或國家標準及相應機構以檢查產(chǎn)品質(zhì)量。我國也制定了農(nóng)業(yè)部標準和成立微生物質(zhì)量檢測中心，并已于1996年正式對微生物肥料制品進行產(chǎn)品登記、檢測及發(fā)放生產(chǎn)許可證等工作。