1．傳染病蟲害，雞糞中含有大腸桿菌、線蟲等病菌和害蟲，直接使用會導致病蟲害的傳播。
　　2．發(fā)酵燒苗。發(fā)酵不充分的雞糞施到地里后，當發(fā)酵條件具備時，雞糞便開始發(fā)酵，若發(fā)酵部位距根部較近，且作物植株較小，發(fā)酵產(chǎn)生的熱量會影響作物生長，嚴重時導致植株死亡。
　　3．酸化基地土壤，雞糞是強酸性肥料，這種危害短時間內(nèi)看不出來，只有連續(xù)種植幾年以上才會發(fā)生，所以這種危害極具隱蔽性。
　　4．重金屬超標雞糞中含有很高量的銅、汞、鉻、鎘、鉛、砷等重金屬，還有較多的激素殘留，造成農(nóng)產(chǎn)品重金屬超標，給可持續(xù)發(fā)展埋下隱患。
　　5．利用不便、效率低。未經(jīng)處理的糞便，翻堆時氣味難聞。